Bάσει των νόμων 2557/97 και του 2947/2001 βασικοί σκοποί του ΜΦΘ είναι:
1. Η συλλογή και μελέτη φωτογραφιών με καλλιτεχνική αξία, έργων δημιουργών του παρελθόντος, καθώς και η συλλογή φωτογραφιών σύγχρονων δημιουργών.
2. Η δημιουργία οργανωμένου αρχείου.
3. Η διενέργεια ερευνητικών και εκπαιδευτικών προγραμμάτων που αποβλέπουν την προώθηση της επιστημονικής έρευνας στην τέχνη και την ιστορία της φωτογραφίας, αλλά και την επιμόρφωση του κοινού.
4. Η διοργάνωση εκθέσεων Ελλήνων και ξένων δημιουργών.
5. Η πραγματοποίηση εκδόσεων που προωθούν τη φωτογραφία.
6. Προστασία και ανάπτυξη του συλλεγόμενου υλικού.

Οι δραστηριότητες του Μουσείου εντοπίζονται σε τρεις κυρίως κατευθύνσεις:
Α. Στη συγκρότηση, τεκμηρίωση και ανάδειξη μιας μόνιμης συλλογής ιστορικής και σύγχρονης φωτογραφίας.
Β. Στην οργάνωση και επιμέλεια εκθέσεων και εκδόσεων που μελετούν τη φωτογραφική τέχνη, καθώς και το πλήθος των εφαρμογών με τις οποίες η φωτογραφία επηρεάζει πολυδιάστατα τις ανθρώπινες κοινωνίες.
Γ. Το εκπαιδευτικό έργο μέσα από το οποίο επιχειρείται η εξοικείωση του κοινού όλων των ηλικιών με τα μυστικά της τεχνικής εικόνας, καθώς και η σκιαγράφηση των ζωτικών προκλήσεων που έχει δημιουργήσει η εποχή της εικόνας.